Первые шаги к установлению дипломатических отношений между Эквадором и СССР были сделаны дипломатическим представительством СССР в Мексике и Посольством Республики Эквадор в этой стране при дружеском сотрудничестве Правительства Мексики.
Министр иностранных дел Эквадора Понсе Энрикес во время своего пребывания в Мехико в феврале 1945 года с целью участия в Межамериканской Конференции в Чапультепеке, предшествовавшей конференции в Сан-Франциско, на которой была учреждена ООН, обратился с официальной просьбой к мексиканскому правительству оказать содействие в установлении дипломатических отношений с Советским Союзом. По словам самого министра Понсе, целью этих усилий было установление официальных отношений «с новым дружественным государством, усилия которого для триумфа общего дела вызывают восхищение».

12 июня 1945 года Посол Эквадора в Мексике Модесто Ларреа Хихон направил официальную ноту Поверенному в делах СССР в Мексике, Василию Якубовскому, предлагая установить двусторонние дипломатические и консульские отношения между Эквадором и СССР, на что Василий Якубовский ответил утвердительно в своей ноте от 16 июня того же года.

Итак, 16 июня 1945 года были официально установлены дипломатические и консульские отношения между Республикой Эквадор и Союзом Советских Социалистических Республик на уровне дипломатических миссий.

Далее, через дипломатические представительства Эквадора и СССР в Мексике начинается обсуждение возможности заключения торгового соглашения между двумя государствами и установления торговых отношений на основе бартерного обмена. Однако переговоры, ведшиеся в 1947-1948 гг., не увенчались успехом.

В 1963 году в Эквадоре был принят Декрет 161 (от 29 января 1963 г.), разрешивший экспортировать эквадорские товары в страны с плановой экономикой (в том числе и СССР) на основе бартерной системы. Эта норма была дополнена Декретом 1056-А от 11 мая 1965 года, согласно которому в Европе создавалось торговое представительство Эквадора, ответственное за изучение новых рынков, ведение переговоров о формах оплаты и налаживанию новых форм торгового сотрудничества. Таким образом была расширена эквадорско-советская торговля, особенно основанная на бартерном обмене.

Начиная с 1966 года, заметно активизируютя дипломатические контакты между двумя странами, и налаживается атмосфера активного сотрудничества. В октябре 1966 года подписывается Меморандум об эквадорско-советских торговых переговорах, идет обмен взаимными приветствиями, поздравлениями и приглашениями.

10 марта 1969 года Эквадор и СССР подписывают протокол об учреждении торгового представительства Эквадора в Москве и торгового представительства СССР в Кито и определяют статус этих миссий. Тогда же было подписано торговое соглашение, облегчившее взаимную торговлю между странами. 12 ноября того же года в городе Сантьяго (Чили), происходит обмен дипломатическими нотами между Послом Эквадора в Чили Теодоро Бустаменте и его советским коллегой, аккредитованным в Чили. Таким образом уровень дипломатических отношений между Эквадором и СССР был поднят до ранга Посольств, а также была достигнута договоренность о взаимном обмене послами.

Через двадцать пять лет после установления эквадорско-советских отношений в Москве и Кито были открыты дипломатические представительства обеих стран и назначены первые послы. 10 июня 1970 года свои верительные грамоты Президенту Эквадора Хосе Мария Веласко Ибарра вручил первый Посол СССР в этой стране, И.И. Марчук. Несколько дней спустя, Посол Хуан Исаак Ловато вручил свои верительные грамоты председателю Президиума Верховного Совета СССР Николаю Подгорному.

В декабре 1982 года были определены необходимые условия для развития консульских отношений между Эквадором и СССР и было подписано консульское соглашение.

12 июня 1990 года в Москве была распространена Декларация о государственном суверенитете РСФСР, формально заявившая об отделении России от СССР. После фактического распада Советского Союза, Российская Федерация согласно нормам международного права стала преемницей дипломатических отношений между Эквадором и бывшим СССР.

В 1998 году для укрепления двустороннего сотрудничества в военной сфере между двумя странами было достигнуто соглашение об учреждении военных атташатов при Посольствах в Москве и Кито. Кроме того, в эквадорском городе Гуаякиль было открыто российское консульство, а Эквадор учредил свое консульство во Владивостоке